生物處理法是廢紙?jiān)旒垙U水處理的主體工藝，具體形式多種多樣，其中厭氧生物處理法、好氧生物處理技術(shù)法和厭氧好氧組合技術(shù)法應(yīng)用較為廣泛。

常見的厭氧技術(shù)有厭氧折流板反應(yīng)器(Anaerobicbaffledreactor，ABR)、厭氧內(nèi)循環(huán)反應(yīng)器(Internalcirculatinganaerobicreactor，IC)、升流式厭氧污泥床(Up-flowanaerobicsludgebed，UASB)、顆粒污泥床(Expandedgranularsludgebed，EGSB)等多種形式。有研究者采用IC工藝對(duì)浙江某廢紙?jiān)旒垙U水處理工程進(jìn)行改造，結(jié)果表明，該工藝能較好適應(yīng)進(jìn)水水質(zhì)水量的波動(dòng)，運(yùn)行穩(wěn)定，COD去除率達(dá)到80%，沼氣產(chǎn)氣率約為0.38m3/kg，沼氣發(fā)電量約為8000kWh/d，實(shí)現(xiàn)了整個(gè)廢水處理系統(tǒng)的收支平衡。Jackson-Moss研究發(fā)現(xiàn)厭氧顆粒狀生物活性炭可去除50%的COD。Chen和Horan采用UASB反應(yīng)器，水力停留時(shí)間為6h，COD的去除率可達(dá)66%。然而，厭氧處理出水中殘余的有機(jī)物濃度往往比較高。Thompson研究發(fā)現(xiàn)利用厭氧技術(shù)處理造紙廢水，COD去除率可達(dá)80%，但COD剩余濃度仍高達(dá)800mg/L，因此需要進(jìn)行后續(xù)處理。

好氧生物技術(shù)包括傳統(tǒng)活性污泥法、氧化塘、生物膜法等。Chandra指出活性污泥中微生物種群如假單胞菌、檸檬酸桿菌和腸桿菌可有效去除廢水中BOD、COD、色度、酚類物質(zhì)和硫化物。Junna指出活性污泥法可去除90%的BOD、70%的COD、60%～95%的含氯酚和40%～60%的AOX。湖南某造紙廠采用活性污泥主體工藝，SS去除率達(dá)到99.7%，COD去除率達(dá)到98.4%，運(yùn)行穩(wěn)定，出水達(dá)標(biāo)。此外，也有研究者發(fā)現(xiàn)活性污泥法對(duì)廢水中的毒性物質(zhì)有很高的去除效果。

除了傳統(tǒng)活性污泥法工藝外，許多研究者采用氧化塘工藝處理廢紙?jiān)旒垙U水。Welander等研究指出工程規(guī)模的氧化塘對(duì)COD的去除率有30%～40%，而中試規(guī)模的氧化塘COD去除率可達(dá)60%～70%。Junna和Ruonala指出好氧塘對(duì)BOD7的去除率為50%～70%，對(duì)含氯酚的去除率為10~50%。Lescot和Jappinen利用好氧塘處理芬蘭某造紙廢水，SS、BOD7、COD、AOX和色度的去除率分別達(dá)到87%、96%、65%、53%、22%。此外，Stuthridge和Mcfarlane還發(fā)現(xiàn)氧化塘處理造紙廢水，在停留時(shí)間短的處理系統(tǒng)中AOX的去除率可達(dá)到70%。也有研究者認(rèn)為生物膜法，與活性污泥法相比，能更有效地去除難以降解的有毒有害物質(zhì)，而且占地面積較小，污泥產(chǎn)量少，處理能力強(qiáng)，能適應(yīng)耐受水質(zhì)、水量變化的沖擊負(fù)荷，對(duì)中小企業(yè)的廢水處理更具有現(xiàn)實(shí)意義。生物膜法技術(shù)的形式多種多樣，包括SBR生物膜反應(yīng)器、高密度生物反應(yīng)器、生物過濾器等等。Reid和Simon指出SBR生物膜反應(yīng)器可去除90%的溶解性COD和99%的甲醇。Magnus的研究發(fā)現(xiàn)高密度生物反應(yīng)器(HCR)可去除93%的COD和65%的BOD。Rovel采用生物過濾器對(duì)BOD、COD、SS和AOX的去除率分別達(dá)到76%、62%、81%和48%。Asselin等的研究還發(fā)現(xiàn)懸浮載體生物膜反應(yīng)器(SCBR)可有效去除慢性有毒物質(zhì)。此外，還有部分研究者采用膜生物反應(yīng)器工藝處理廢紙?jiān)旒垙U水。Berube和Hall等研究發(fā)現(xiàn)膜生物反應(yīng)器可去除約93%的TOC。