制藥廢水主要呈現出了這樣一些特點：(1)有機污染物濃度高。生產過程中殘留的反應不*的原料，包括發酵殘余基質及營養物，溶劑萃取余液及染菌倒罐廢液等，以及大量副產品，小部分成品都會隨水流出，導致廢水COD濃度一般都在5000mg/L以上;

　　(2)難生物降解物質、有毒有害物質多。制藥廢水中殘留的藥物如抗生素、鹵素化合物、醚類化合物、硝基化合物、硫醚及礬類化合物、某些雜環化合物和有機溶劑等，大多屬于生物難以降解的物質，如在達到一定濃度后會對微生物產生抑制作用。此外，鹵素化合物、硝基化合物、有機氮化合物、具有殺菌作用的分散劑或表面活性劑等對微生物是有較大的毒害作用的，給制藥廢水的生化處理帶來了很大困難;

　　(3)沖擊負荷大。由于生產工藝的需要，制藥生產廢水通常是間歇排放，溫度、污染物濃度和酸堿度隨時間變化較大。此外，發酵罐染菌的倒罐廢液等大量高濃度短時間集中排放的廢水會造成的負荷沖擊;

　　(4)色度高，異味重。制藥廢水由于生產需要使用了大量的化學藥劑和動植物組織等作為原材料，這些材料流入到廢水中會產生較大的異味和較深的色度。并且經一般污水處理流程后難以*去除，對環境影響較大;

　　(5)懸浮物濃度高。抗生素、中藥等制藥廢水中往往夾帶大量的微生物菌絲體或中草藥殘渣，廢水中SS較高。